Bilan

SOPHiA, l’IA suisse qui scrute les génomes

L’application de l’intelligence artificielle à la médecine est le graal de nombreuses entreprises. Grâce à son approche collective, Sophia Genetics fait la course en tête.

Jurgi Camblong, fondateur de Sophia Genetics.

Crédits: Vanessa Cardoso

Dans le monde de la santé, la conférence de JP Morgan est l’événement annuel de référence. En début d’année, c’est là que la directrice générale d’IBM Watson Santé a révélé que l’intelligence artificielle de big blue avait analysé moins de 10 000 génomes humains.

La start-up lausannoise Sophia Genetics en traite, elle, 7000, mais par mois: «A ce jour, SOPHiA, notre intelligence artificielle, a analysé l’ADN de 100 000 personnes, révèle le fondateur de l’entreprise Jurgi Camblong. Au point qu’elle n’a plus besoin de nouvelles données pour apprendre et aider à diagnostiquer directement.»

En médecine, l’intelligence artificielle s’applique surtout à la génomique, à cause de l’explosion de données qu’ont entraînées l’industrialisation du séquençage de l’ADN et les progrès de la médecine moléculaire. On n’associe plus seulement un gène à une maladie héréditaire, mais on analyse des régions génomiques qui, ensemble, peuvent signaler un cancer ou une maladie cardiaque.

Fondée en 2011, Sophia Genetics a commencé par développer des algorithmes qui «nettoient» les données obtenues par diverses technologies. Pour distinguer un signal important – une variation génomique – d’un autre qui est juste une erreur induite par le séquençage lui-même, diverses techniques sont employées simultanément par SOPHiA qui apprend à reconnaître ces erreurs.

Grâce à ce travail sur la fiabilité des données, Jurgi Camblong estime que la start-up helvétique a trois ans d’avance vis-à-vis de concurrents comme Watson. C’est le produit d’une approche collective avec les 260 centres hospitaliers que Sophia Genetics a rassemblés pour mettre en commun le savoir et faire vérifier systématiquement les erreurs identifiées par des généticiens. 

Rendre les données pertinentes n’est cependant que la première étape. Une fois séparées des erreurs, les variations génomiques identifiées dans les ADN analysés passent par l’intelligence artificielle SOPHiA pour aboutir à des diagnostics fiables formulés par le médecin. «On n’a pas droit à l’erreur, explique Jurgi Camblong. Seul le diagnostic fiable d’une variation génomique sera à même de supporter les diagnostics et de guider vers le traitement adapté.»

Une avance à supporter

C’est tout l’enjeu du diagnostic moléculaire. Selon qu’ils sont porteurs de telle ou telle variation génomique, les patients ne réagissent pas de la même façon à un traitement. Lors des essais cliniques, certains médicaments très efficaces pour quelques patients ont dû être abandonnés parce que dangereux pour d’autres. Le diagnostic ADN leur donne une seconde chance. C’est ce que l’on appelle la médecine personnalisée, dont la logique s’applique aussi aux médicaments approuvés, par exemple pour mieux choisir le dosage. 

On est très loin de l’idée sotte de l’intelligence artificielle remplaçant le médecin. Grâce à sa collaboration avec les médecins, «SOPHiA est désormais suffisamment au point pour permettre à de nouveaux hôpitaux de se mettre à niveau en un mois», selon Jurgi Camblong. Et la Suisse devrait prendre conscience de cette avance. 

Lors de la conférence de JP Morgan, IBM a montré qu’elle sait corriger ses erreurs. Après la fin d’une collaboration stérile avec le centre médical MD Anderson, en dépit d’un investissement de 62 millions de dollars selon Forbes, l’entreprise a annoncé une alliance avec Illumina, leader du séquençage génomique. Derrière, Microsoft et Google se lancent aussi dans la course. Il serait dommage que la Suisse passe à côté d’une pareille opportunité faute de confiance en elle ou en l’occurrence dans l’une de ses start-up. 

Fabrice Delaye
Fabrice Delaye

JOURNALISTE

Lui écrire

Fabrice Delaye a découvert Internet le 18 juillet 1994 sur les écrans des inventeurs du Web au CERN. La NASA diffusait ce jour-là les images prises quasi en direct par Hubble de la collision de la comète Shoemaker-Levy sur la planète Jupiter…Fasciné, il suit depuis ses intuitions sur les autoroutes de l’information, les sentiers de traverse de la biologie et étend ses explorations de la microélectronique aux infrastructures géantes de l’énergie.

L’idée ? Montrer aux lecteurs de Bilan les labos qui fabriquent notre futur immédiat; éclairer les bases créatives de notre économie. Responsable de la rubrique techno de Bilan depuis 2006 après avoir été correspondant de L’Agefi aux Etats-Unis en association avec la Technology Review du MIT, Fabrice Delaye est diplômé de l’Institut d’Etudes Politiques de Paris et de l’EPFL.

Membre du jury des SwissICT Awards, du comité éditorial de la conférence Lift et expert auprès de TA-Swiss à l’Académie Suisse des Arts et des Sciences, Fabrice Delaye est l’auteur de la première biographie du président de l’EPFL, Patrick Aebischer.

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